Diferentemente de Digimon Battle, que usa a história da terceira temporada do anime como pano de fundo, Digimon Masters Online é inspirado nos acontecimentos da quinta temporada (Digimon Data Squad).
Nela, o governo japonês tem conhecimento sobre a existência dos digimons (algo não presente nas histórias anteriores) e possui uma unidade especial que tem por missão capturar digimons invasores do mundo humano.
Nesse contexto, você é um digiescolhido que trabalha na unidade especial mencionada, o DATS. Como parte do treinamento, você deve ir ao digimundo para aprender como vivem os digimons e treinar as habilidades combativas do seu parceiro digimon.
